酸奶中大多数的益生菌并没有宣传的那么有效，因为它们大多很快就会死亡，无法在我们的肠道中定居下来。然而万事无绝对，至少有一种微生物与众不同，可以在肠道中存活。
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假设你在西藏捉到几头耗牛，人工繁殖几代以后，再将它们放生到南沙的某个小岛上，一般来说这些耗牛很快就会死亡。实际上，这就跟益生菌的经历差不多。
诸如酸奶、饮料、胶囊等益生菌产品，都包含了某些对健康有益的益生菌。人类对益生菌种的选择历史悠久，它们大多都非常易于量产，然而却并不是我们肠道中常见的微生物，也难以适应我们体内的环境。更何况它们经过无数代工业培养条件下的繁殖，已经被驯化适应了那样的工业条件。而且，我们通过益生菌产品摄入的益生菌浓度很低，根本无法与体内原有的是其数量几百或几千倍的细菌相抗衡。
以上就是为什么不断有研究显示，益生菌产品中的细菌更像是游客而非住客，它们游历了整个肠道但是并没有留在任何地方。“你试图将一个物种引入某个生态系统，然而这个物种本不是在这个系统里进化出来的。” 阿尔伯塔大学（University of Alberta）的 Jens Walter 如是说，“它们并不能成功地适应你体内的环境。”
因而，大多数益生菌产品中的益生菌并不能融入人体微生物组（指人体内微生物的集合体）。同样的原因也使得益生菌产品在医学方面的应用效果不佳，这方面仅有的正面报道是，某种产品在治疗感染性痢疾方面有一定的作用。
在过去的几十年中，欧盟的管理局已经对这类关于益生菌的研究结果见怪不怪，并禁止这些益生菌产品包装上注明它们“有益健康”，被禁字眼甚至包括“益生菌”本身。
当然，“益生菌”这个概念听起来不错。我们知道细菌是人体微生物环境非常重要的一分子，若是体内微生物平衡遭到破坏，你可能会患上糖尿病、肠炎，甚至是肠癌。所以，摄入适当的益生菌本应当可以改善这些问题。
而问题在于，我们的方法过于简单粗暴。这些微生物是生命，而我们自身是一个生态系统，我们不能期望随便将前者引入后者，前者便可以生存下来。我们首先需要弄清，是哪些因素决定了引入过程的成败。
Walters 和他的团队正是研究这一问题的专家。他们的主要研究对象是一类名为
长双歧杆菌（Bifidobacterium longum）的微生物。这是一种能够大量稳定存在于人类肠道中的微生物。内布拉斯加大学（University of Nebraska）的 Maria Maldonado-Gómez 邀请了23位测试者，让他们每天服用一定剂量的某种长双歧杆菌或者安慰剂，然后在他们的粪便中对这种长双歧杆菌的 DNA 进行检测。
在大多数测试者的肠道中，外来长双歧杆菌在一个月甚至一个星期内就消失了，但是在三分之一的测试者体内出现了微生物常驻的情况。半年以后，不同于其他的益生菌，这种长双歧杆菌依旧在这些测试者的肠道中稳定存在。“我完全没想到，”Walters 说，“尽管长双歧杆菌是一种人体核心微生物，我原本还是以为，这些外来菌会被我们的本体菌群淘汰掉。”
某种意义上讲，它们的确被淘汰了。通过对比测试者体内的菌群，Maldonado-Gómez 发现，外来的长双歧杆菌在原本就拥有其他长双歧杆菌的人体肠道内更难生存。这不难理解，遗传上关系紧密的微生物更加相似，它们更有可能要竞争相同的营养素、资源或者空间。如果人体内已经有很多种长双歧杆菌存在，被引入的同类菌能够填补的生态位则小之又小。
Maldonado-Gómez 还发现，如果测试者体内的菌群包含某些特殊的细菌基因，这些外来的益生菌会更容易消失殆尽。这部分基因大多数是与分解碳水化合物和其他营养物质相关的。这同样不难理解，如果肠道内原有的细菌可以借助这些基因，充分利用各种类型的营养物质，那么留给外来菌种的食物就不多了。
这项研究的结果显示，口服微生物是可能融入人体微生物系统的。同时，这项研究也发掘了一些微生物定植相关的影响因素。“我很激动，” Walters 说，“我觉得这项试验的确证明了，我们可以通过引入特定的微生物，来人为调节肠道系统。我们现在正尝试鉴定出那些与疾病相关的微生物类型。如果某一种特定微生物的减少或缺失确实会损害人体健康，那么我们就有可能对相应的症状进行纠正。”
圭尔夫大学（University of Guelph）的 Emma Allen-Vercoe 说：“摄取益生菌的明智做法是，首先去了解一个人肠道内已有微生物系统的状态，再据此作出相应的选择。我们要看看，体内已有的微生物是否能够完成微生物组应当承担的各种机能？如果不能，我们是否可以通过补充某种益生菌来修复缺失的机能？我们又能否保证引入的益生菌能够正确融入原有体系？”和现有益生菌产品公司的片面言论不同，这样个性化的理性建议以生态学为核心，绝非泛泛之谈。
上述个性化建议成功的关键在于，要能够找到每个个体肠道中空余的生态位，以及能够填补这一生态位的适宜菌种。“但是如果你可以为你要引入的菌种创造一个专属于它的生态位呢？” 麻省理工的 Sean Gibbons 谈到。他补充说，有一些科学家正在研发一种组合产品：将某种微生物以及与它相配的专属食物来源（也就是所谓的益生元，prebiotic）组合起来。“只要在日常的饮食中稍微添加益生元，益生菌就有足够的能力成为肠道内的常驻微生物。但是如果不再摄入益生元，益生菌也就丧失了常驻的能力，被肠道清除。”
上述策略有可能解决人体对外来益生菌产生的排斥反应。然而我们也要意识到，益生菌的摄入在过去一直十分安全，这可能正与它们在人体内驻留的短时性相关。如果我们开始摄入更加容易常驻的益生菌，一些无法预料的负面影响将可能随之而来。当然，Walters 的研究中并没有出现这样的情况，实验中新引入的长双歧杆菌并没有像火蚁和海蟾蜍等入侵物种一样，取代掉人体内原有的微生物，也并没有对测试者的健康产生影响。
尽管如此，Walters 还是担心转用更加容易常驻的微生物可能会导致难以解决的菌群失调。他认为，单纯使用人体微生物组中固有的核心微生物会相对安全：“粪便移植其实就是一个实例，除此之外，我们也在不断地从周围的环境中摄入微生物 。”
就现在而言，这样的讨论其实还是毫无意义的，因为“精准微生物组医疗”距离实现还相当遥远。“这些发现有待更大规模的试验重复验证。”哥本哈根大学（University of Copenhagen）的 Nadja Kristensen 谈到。而且，这些试验还只是证明了益生菌可以在健康人体中常驻，同样的理论是否适用于肠道菌群紊乱的病人，我们并不清楚。
Walters 也只是研究了长双歧杆菌中的一个菌株，它是由爱尔兰的 Alimentary Health 公司作为一种益生菌开发的。其他种类的长双歧杆菌也可能有着完全不同的特性。“这个公司其实还有另一种长双歧杆菌在售，但是那种菌并不能在肠道中稳定存在，”他说。“我希望在不远的将来，我们能看到更多聚焦于微生物组中核心微生物的类似研究。我们的研究仅仅是个开始。”
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