中国科学院上海药物研究所和上海科技大学免疫化学研究所抗2019-nCoV病毒感染联合应急攻关团队发现了30种可能对治疗新型冠状病毒肺炎有治疗作用的药物、活性天然产物和中药。
候选治疗新型冠状病毒肺炎的药物包括蛋白酶抑制剂茚地那韦、沙奎那韦、洛匹那韦、卡非佐米、利托那韦等12种抗HIV药物，2种抗呼吸道合胞病毒药物，1种抗人巨噬病毒药物，1种抗精神分裂症药物，1种免疫抑制剂以及2种其他类药物；研究发现含有“二苯乙烯”结构的孟鲁司特以及植物药活性成分虎杖苷和脱氧土大黄苷与Mpro结合较好，可能对病毒有抑制作用；在前期抗SARS研究及计算机模拟基础上发现老药肉桂硫胺、环孢菌素A可能对治疗新型冠状病毒（2019-nCoV）肺炎有效。
抗艾滋病药物被认为对新型冠状病毒肺炎有一定治疗效果。
2020年1月26日，北京市卫健委官网发布情况说明称，网传一款抗艾滋病药物在临床治疗中取得效果，所提及的药物是国家卫生健康委《新型冠状病毒感染的肺炎诊疗方案（试行第三版）》（简称《诊疗方案》）中推荐的治疗方式。北京三所承担救治任务的市级定点医院正在根据国家诊疗方案，结合患者病情进行救治。
此前，曾被新型冠状病毒感染的北京大学第一医院呼吸和危重症医学科主任、国家卫健委专家组成员王广发透露，一种名为“洛匹那韦利托那韦片”（商品名：克力芝）的药物对他有效。王广发表示，这种药物对于他个例来说是有效的，但目前还不清楚对其他病患是否有效，需要后续观察。
新型冠状病毒目前尚无有效抗病毒药物。《诊疗方案》仅提到，可试用α-干扰素雾化吸入(成人每次500万U，加入灭菌注射用水2ml，每日2 次)；洛匹那韦/利托那韦每次2粒，一日二次。
药品说明书显示，克力芝是一种复方制剂，两种主要成分洛匹那韦、利托那韦均是蛋白酶抑制剂，可与HIV蛋白酶催化部位结合，干扰病毒的装配过程，因此作为抗病毒药使用。临床上，该药物适用于与其它抗逆转录病毒药物联合用药，治疗HIV感染。
知名感染领域专家、上海市公共卫生临床中心党委书记卢洪洲日前对媒体表示，新型冠状病毒与艾滋病毒同属RNA病毒，治疗上存在一些共性，临床确实发现，应用抗艾滋药物克力芝对治疗新型肺炎患者很有效果。
在病毒的复制、组装过程中，新型冠状病毒可能与HIV使用一些相似的蛋白功能。“洛匹那韦/利托那韦等针对HIV的蛋白酶抑制剂如果也能和冠状病毒蛋白酶结合从而抑制其正常功能，则可发挥抗冠状病毒作用。” 卢洪洲称。
前期研究表明，洛匹那韦/利托那韦能够抑制MERS-CoV以及SARS-CoV的复制。2003年SARS疫情爆发时，中国香港学者曾使用克力芝联合利巴韦林对41名SARS病患开展临床试验。研究认为，“洛匹那韦、利托那韦片”对SARS病毒有一定抑制效果。不过，随着非典逐步淡出，学者们也就没有更进一步进行有对照的临床研究。
国际知名病毒学家罗光湘在接受界面新闻采访时表示，许多广谱、非特异的抗病毒药物，都可以用来抑制多种新型病毒，“但是也有一些副作用，具体能否使用，应该根据药监部门的指南和意见，判断能否使用、适用于哪些人群。”
不同人对病毒的适应性存在差异。多位专家对界面新闻表示，对于轻症患者，有些凭借自身免疫力就有可能自愈，药物只是一种辅助，而老年人本身具有多种基础性疾病，成为危重病例的可能性较大。
中国疾控中心首席流行病专家曾光此前接受界面新闻专访时表示，新型冠状病毒肺炎的感染情况与当年SARS在很大程度上相似，被感染的老年人往往也是慢性病患者，他们得病以后，新型冠状病毒肺炎对人体的呼吸系统、循环系统、免疫系统等都有一个全面影响的过程。
克力芝药品说明书显示，老年患者应当慎用洛匹那韦/利托那韦，因为临床监测发现老年患者发生肝、肾、心脏功能下降的比例、并发其它疾病的比例、接受其它药物治疗的比例均较高。
上海市普陀区中心医院呼吸与危重症科主治医师史兆雯对界面新闻表示，从一开始的支持治疗，到药物治疗，再到药物的更新换代，新型冠状病毒肺炎的治疗方案是与时俱进的，相关诊疗方案也在完善中，“目前没有证据表明能完全治疗新型冠状病毒。很多情况下，医生都是根据经验性治疗，不断选择药物对新型冠状病毒进行尝试。”
除克力芝外，其他抗病毒药物也被使用到新型冠状病毒肺炎的治疗中，如老牌的干扰素、亲环素（Cyclophilin）抑制剂、吉利德新研制的核苷类似物抗病毒药Remdesivir，以及利巴韦林和法匹拉韦等常见的广谱抗病毒药物。
美国宾夕法尼亚大学病理学系教授张洪涛告诉界面新闻，目前对于武汉新型冠状病毒没有特效药，即便对于确诊患者，抗病毒药物也是无可奈何的办法，效果有限，且有副作用，因此“千万不能当作预防，最好把药留给病情危重的患者”。
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