1871年3月发表在杂志上的对达尔文攻击漫画
事实上，科学理论并不担心批评。一位进化生物学者说，对进化论的质疑可以分为两种，一种是基于道听途说的片面信息，常见于朋友圈文章和其他网络社区，认为进化论是谎言、骗局、伪科学，其实绝大多数所谓对进化论的质疑，是因为不理解生物进化理论导致的，他们质疑的也不是现代的进化理论。另一种对进化论的质疑，常见于科研机构，在充分学习理解现代进化生物学理论后，能敏锐指出现有理论中的不足，甚至对理论尚未解决的前沿问题做出开创性的贡献。现代进化论正是靠着后一种质疑不断发展更新，成为更具有解释力的科学理论。
更广泛地说，所有的现代科学理论都不是“绝对正确的真理”，而是当前人类社会对包括人类在内的整个世界的暂时性最优理解。进化论也正是如此，进化生物学者们对进化论的质疑，正在推动着现代进化理论的进一步完善。
在对进化论所有的质疑中，有一种说法值得一思。这种说法声称，和一些科学理论一样，进化论是一种被提出来的“假说”，因此，进化论仅仅是众多可能性中的一种可能性而已，并不值得我们信任。这种质疑看似有一定的道理，提出者知道进化论是人类提出来的一种说法，并用“假说”来表示，强调进化论的“非正确性”，得出不值得信任的结论。可真是如此吗？
任何科学理论都是被人提出来的，那是不是所有科学理论都不值得信任呢？我们凭借相对论、电磁学、无机化学……等等科学领域的理论制造的卫星、航母、电脑、手机、轮胎……好像又展示着这些科学理论的真实性，告诉我们这是值得信任的。
科学理论不过是人类对世界的系统化解释，提出的这些具有科学性的解释中，是可以简单归类为“假设”和“理论”两种，这两种解释的可靠性确实不同。“假设”或者说“猜想”，只是提出的一种有可能成立的解释；“理论”则更可靠一些，有可靠的证据，或者通过大量的实验证明，才能被称为“理论”。
在数学中，这两者的区别非常明显。费马大定理在17世纪被提出后，长达三百多年内都被称作“费马大猜想”，直到1995年，英国数学家安德鲁·怀尔斯证明了它，才真正成为了“费马大定理”。现在，著名的“哥德巴赫猜想”和“黎曼猜想”，因为还未被证明，仅仅只能被称为“猜想”。
在其它科学领域的研究中，与数学中的情况类似，但更复杂一些。例如“热力学第二定律”，已经是热力学中的一条铁律，这是因为，这个理论被归纳提出后，在大量的实验和事实中被证实，而且从未发现过违反这条定律的现象。当有任何看似违反热力学第二定律的情况出现时，科学家们总能找到另外的方式解决，例如发现一种新的能量形式。不过从另外一个角度说，哪怕实验一万次重复证明热力学第二定律成立，也只能说明到目前为止，热力学第二定律成立，以后有可能被推翻——在这个意义上，哪怕是“热力学第二定律”这样的理论，也仅仅只是一种暂时性的“假说”。但这类“假说”实在太有说服力了，所以一般称他们为“理论”或者“定律”。
回到进化论来看，现代进化论是一套已经成熟的科学理论，早已度过了被称为“假说”的童年阶段。进化论发展史上，拉马克是进化论学说的倡导者和先驱，他提出的“用进废退”作为一种假说，早已被进化论理论抛弃，他提出的“获得性遗传”理论则先被进化论抛弃，最近几十年又被重拾并发展为现代的“表观遗传”理论。达尔文在19世纪首次提出了生物进化的主要理论——自然选择理论，直到今日被发展、补充、修正成为了现代综合进化理论。
现代进化树展示了现存所有生物在进化中的平等地位
进化论的发展也不是一帆风顺的。达尔文进化论的一大问题就是没有遗传学的内容。达尔文在1882年逝世，孟德尔虽然在1865年发表了遗传理论，但一直到1900年才被重视。在20世纪，达尔文和孟德尔的研究成果被后世的研究者们融合为一体，相当于进化论经历了一次全面升级。中性进化学说也曾对自然选择学说发起质疑，最终成为完善和补充现代进化论的一个方面。由古生物学、生物地理学、比较解剖学、比较胚胎学，以及现代分子生物学和生物化学的研究作为支撑的现代进化论，已经是相当丰富和完善的科学理论。当然，当代进化学者们对现代进化论依然在进行研究和发展，例如英国《自然》杂志在2014年刊登的一篇文章中，就有对现代进化论进一步升级的观点。
从以上思考我们可以知道，进化论不是一个不可靠的“假说”，而是现代科学中相当成熟的“理论”。在另一方面，进化论还是一个“事实”。
反对进化论的一个主要原因，是物种是否在变化的问题。作为进化论的最基本看法，“物种在进化”或“物种在演化”已经是一个不争的事实。生物不像某些观点所说的那样，被创造出来之后永远不会改变，而是在漫长的地球史中不断进行着进化、演变。大量的化石证据，以及当代的分子生物学和遗传学的研究成果，都显示出“物种进化”在自然界是一个像“地球是圆的”一样，被从各个角度观察和论证的“事实”。进化论作为表示“生物在进化”的理论，自然是表达了一个事实。而生物如何进化的细节，才是进化理论中研究的重要内容。
【注释或参考文献】
1、 克劳修斯表述为：热量不能自发地从低温物体转移到高温物体。开尔文表述为：不可能从单一热源取热使之完全转换为有用的功而不产生其他影响。
2、https://en.wikipedia.org/wiki/Phylogenetic_tree#/media/File:Tree_of_life_SVG.svg
3、Laland K, Uller T, Feldman M, et al. Does evolutionary theory need a rethink?. Nature.2014;514(7521):161-164. doi:10.1038/514161a
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